Thuật ngữ "đàn áp" được chính thức sử dụng để loại bỏ việc truy tố những người bị coi là những kẻ phản cách mạng và kẻ thù của nhân dân. Cuộc thanh trừng có động cơ từ giới lãnh đạo muốn loại bỏ những người định thoát ly ra khỏi Đảng và mong muốn để củng cố quyền lực của Joseph Stalin. Ngoài ra các chiến dịch đàn áp còn được thực hiện chống lại các nhóm sắc tộc thiểu số, và các nhóm xã hội bị buộc tội hoạt động chống lại nhà nước Xô viết và quan điểm chính trị của Đảng Cộng sản Liên Xô.[15]

Hầu hết sự chú ý của công chúng tập trung vào cuộc thanh trừng giới lãnh đạo Đảng Cộng sản, cũng như các quan chức chính phủ và các chỉ huy các lực lượng vũ trang, hầu hết đều là các đảng viên. Các chiến dịch cũng ảnh hưởng tới nhóm khác của xã hội: giới trí thức, nông dân, và đặc biệt là những người bị coi là "quá giàu với một nông dân" (kulak), và thợ chuyên nghiệp.[16] Một loạt các chiến dịch của NKVD (cảnh sát mật Liên Xô) đã ảnh hưởng tới một số sắc tộc thiểu số, bị buộc tội là các cộng đồng mà hoạt động bí mật giúp đỡ ngoại xâm ("fifth column"). Một số cuộc thanh trừng đã được giải thích chính thức là để loại bỏ những khả năng phá hoại và gián điệp, hầu hết bởi một "Tổ chức Quân đội Ba Lan" tưởng tượng và, sau đó, nhiều nạn nhân của cuộc thanh trừng là những công dân Liên Xô gốc Ba Lan bình thường.

Theo bài phát biểu năm 1956 của Nikita Khrushchev, "Về tệ sùng bái cá nhân và những hậu quả của nó," và những phát hiện gần đây, một số lượng lớn những lời buộc tội, đáng chú ý nhất là những lời buộc tội tại Các phiên tòa trình diễn ở Moskva, đều dựa trên những lời khai cưỡng ép, thường có được nhờ tra tấn[17], và việc diễn giải không chính xác Điều 58 (Luật hình sự Liên Xô), về những hình phạt dành cho các tội phản cách mạng. Quy trình pháp luật đúng đắn, theo như luật pháp Liên Xô có hiệu lực ở thời điểm đó, thường bị thay thế phần lớn bằng những biên bản vắn tắt của các NKVD troika (nhóm gồm 3 người cảnh sát mật).[18]

Cuộc Đại thanh trừng đã bắt đầu dưới thời lãnh đạo NKVD là Genrikh Yagoda, nhưng đỉnh điểm của những chiến dịch đó diễn ra thời NKVD nằm dưới sự lãnh đạo của Nikolai Yezhov, từ tháng 9 năm 1936 tới tháng 8 năm 1938, vì thế nó có tên Yezhovshchina. Các chiến dịch được tiến hành theo chỉ thị, và thường là những mệnh lệnh trực tiếp, của Bộ chính trị dưới sự lãnh đạo của Stalin.

Cuộc Đại thanh trừng đã gây ra nhiều cuộc tranh cãi về mục đích, phạm vi và cơ cấu của nó. Các nhà sử học ở cả hai trường phái tập trung vào sự thanh trừng với giới chính trị, trí thức, kinh tế hay quân đội, và cuộc đấu tranh giữa các nhóm ở trung ương và địa phương của đảng. Chủ yếu bởi sự thiếu hụt thông tin về chủ đề, không phái nào nghiên cứu cơ cấu, tổ chức, việc thực hiện những cuộc bắt giữ và xử bắn, hay tình trạng xã hội học của các nạn nhân, những người chiếm một bộ phận so với giới tinh hoa đảng hay trí thức.

Các giả thuyết trước đây đã bị phản bác nhiều bởi những thông tin mới từ khi thư khố Liên Xô được mở cửa sau khi Liên bang Xô viết chấm dứt tồn tại năm 1991, cho phép nhiều cuộc nghiên cứu sâu hơn với những tài liệu mới. Các học giả đã đi tới quan điểm rằng cuộc Đại thanh trừng là một thời điểm quyết định – hay đúng hơn là một sự phát triển đỉnh điểm – của một chiến dịch tác động xã hội bắt đầu từ đầu những năm 1930 (Hagenloh, 2000; Shearer, 2003; Werth, 2003). Họ cho rằng khoảng 1% dân số thành niên của Liên bang Xô viết là nạn nhân của sự kiện này, và nhiều trẻ em cũng bị ảnh hưởng lây từ nó.[19]